وعندما زاد التوتر بين الأطراف الرسمية والشعبية على خلفية معاهدة السلام مع الاحتلال الصهيوني سنة 1978، اتخذ العسكر من الأزهر ذراعاً في الدفاع عن انبطاحهم وعمالتهم للصهاينة، وخرجت الفتاوى من كبار علمائه بجواز الصلح مع “الاحتلال”، رغم وجود فتاوى سابقة تحرم التعامل معه واعتباره عدواً يجب جهاده.
أما بدايات حكم المخلوع حسني مبارك فشهدت منح بعض الصلاحيات للأزهر الشريف، لكنها كانت صغيرة، وبعد وفاة الشيخ جاد الحق علي جاد الحق، الذي سعى لاستعادة الاستقلال المسلوب، سعى العسكر لاحتواء الأزهر على نحو أكبر، عبر اختيار شخصية تتماشى مع سياسة الانبطاح للصهاينة وبيع المقدسات الإسلامية.
وقد حصل هذا التناغم مع شيخ الأزهر السابق الدكتور محمد سيد طنطاوي، الذي حصلت تغييرات جذرية في عهده، حتى أضحى الأزهر تحت إدارة رئيس مجلس الوزراء بعدما كان شيخ الأزهر لا يعلوه في البلد إلا رئيس الجمهورية، وأصبحت ميزانية الأزهر تابعة لمجلس الوزراء، وكثيراً ما كان يصرّح طنطاوي أنه موظف في جمهورية العسكر، فهل ذهب الطيب إلى الرياض بهذه الصفة لتجميل وجه المنشار القاتل وأبيه أمام المسلمين.